应用r进行qsar的尝试内容摘要:

QSAR中的应用。 第一届中国 R语言会议 马斌: R在 QSAR中的应用 10 为什么研究多环芳烃( PAHs) 第一届中国 R语言会议 马斌: R在 QSAR中的应用 11 数据库的建立 • 活性参数是 PAHs在植物根际消解效果,采用 metaanalysis中常用的效应值 (effect sizes, d)表示。 d=ln(E/C) • 分子结构参数通过 Dragon 5(Tala)计算得到 965个结构参数,包括拓扑参数和理化参数。 第一届中国 R语言会议 马斌: R在 QSAR中的应用 12 参数的筛选 • 用主观选择对结构参数进行筛选,去掉所有值为恒量的参数,然后计算余下参数的相关系数矩阵,去掉相关系数大于等于。 • 采用 R极大提高筛选效率 第一届中国 R语言会议 马斌: R在 QSAR中的应用 13 R中结构参数的主观筛选(去除恒量) (39。 39。 , +sep=39。 ,39。 ,header=TRUE, dec=39。 .39。 ) dim() a[1] n0 for(k in 1:([2]n)) {if ([1,k]==[a,k]) + { [,k]。 +nn+1。 +kk1}} (, file=39。 39。 , sep=39。 ,39。 ) 第一届中国 R语言会议 马斌: R在 QSAR中的应用 14 R中结构参数的主观筛选(去除高相关性参数) cor() dim() m0 for(。
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